Genesect, loài pokemon được Băng đảng Plasma hồi sinh từ những hóa thạch có niên đại từ 300 triệu năm trước. Khi bọn chúng trở về, chúng thấy nhà của chúng đã bị vùi lấp dưới một trận bão tuyết. Chúng trở nên vô cùng tuyệt vọng..."Tôi muốn... về nhà...", năm con Genesect lên đường đến thành phố New Tork, để tìm lại vùng đất mà chúng đã từng sinh sống 300 triệu năm trước.Mewtwo cảm nhận được giọng nói của Genesect. Cũng giống như bọn chúng, Mewtwo cũng do con người tạo ra từ gen của Mew.Cùng lúc đó, Satoshi, Pikachu và các bạn đang ghé thăm thành phố New Tork. Họ đến nơi được gọi là "Ngọn đồi pokemon", một nơi được làm nên cho các loài pokemon của thành phố sinh sống. Ai cũng ngạc nhiên khi thấy các loài pokemon sống vô cùng yên bình trong một thành phố rộng lớn như thế.Bất ngờ, những con Genesect kéo đến và con Genesect màu đỏ tấn công Satoshi và những người khác bằng sức mạnh và tốc độ đáng kinh ngạc của nó. Nó cho rằng mọi thứ đều là kẻ thù của bọn chúng.Thật may mắn, Satoshi và các pokemon khác đã được cứu bởi pokemon huyền thoại Mewtwo. Mewtwo cho rằng Genesect là loài pokemon không đáng để tồn tại trên thế giới, cũng giống như nó. Hiểu được cảm giác Genesect, Mewtwo đã đấu với nó, một trận đầu kịch liệt diễn ra ngay trên bầu trời thành phố.Cả hai con pokemon đều muốn vượt qua giới hạn của bọn chúng, biến trận chiến thành một trận chiến tốc độ mạnh mẽ. Sức mạnh thực sự chưa thức tỉnh bên trong Mewtwo là gì? Làm sao để trận chiến định mệnh này đi đến hồi kết?Satoshi đã hứa với một con Genesect rằng sẽ đưa bọn chúng về nhà. Cùng với Pikachu và các bạn, Satoshi sẽ làm gì để giúp cho thành phố thoát ra khỏi bị lâm nguy? Liệu cậu có thể thực hiện được lời hứa với Genesect không?[5]